"...Пользуемся тем, что можно из одного OnAir3 посылать команды в другой OnAir3. А можно ли отправить команды в OnAir3 из внешнего приложения? Есть ли API?..."
Да, можно.
В нашем SDK есть специальный раздел (SLMessageServerSDK), который реализует возможность управлять программой OnAir3 из внешнего приложения.
Пакет SDK здесь. В разделе SLMessageServerSDK содержится описание и примеры на C++ и C#.