"...Есть ли возможность, например, при составлении расписания в OnAir запускать видеоролик с альфа-каналом. Имеется ввиду переход между концом одного файла mp4 и началом другого файла в формате mov (видеоролик-перебивку с альфа-каналом). А далее переход между выходом последнего и следующим файлом в формате mp4 или avi..."
Да, это можно делать с помощью бесплатного скрипта TSF_Transitions. Пример здесь.
Для двух, идущих друг за другом видеофайлов (1), перед первым в расписании должен быть специальный комментарий (2), если нужно показывать перебивку.