"...Коллеги с соседнего телеканала не рекомендовали использовать в OnAir3 фильмы в формате mkv..."
Файлы mkv использовать в OnAir3 можно.
По всей видимости, при показе фильмов из mkv-файлов у коллег нет звука. Как правило, в таких фильмах звук в формате AC3. С определённого момента времени для AC3 требуется лицензия. Сейчас можно использовать бесплатную тестовую лицензию. Подробнее здесь.