"...Начали использовать плагин SLSoundLeveler вместо APTO Linear Acoustic. Но в CodeMeter не видим лицензий. Так и должно быть?..."
Да, так и должно быть.
Если вы используете плагин SLSoundLeveler, то никакие лицензии в ПО CodeMeter не отображаются. И вообще, при работе с SLSoundLeveler рекомендуем снести ПО CodeMeter.