"...Как создать в OnAir3 команды управления по GPI для начала и остановки записи? Мы вроде перенесли команды со старого сервера, но на новом они не активны..."
Команды для расписания в OnAir3 перенесли, но сами GPI-события судя по всему не созданы. Про их настройку здесь.