"...У нас исходно в плейлисте файлы с заглавными буквами. После редактирования в OnAir3 все имена файлов стали маленькими буквами. Это специально или это ошибка?..."
Это ошибка. Она исправлена.
Свяжитесь, пожалуйста, с техподдержкой для получения версии ПО с исправлением этой ошибки.