"...Техподдержка порекомендовала обновить установленное ПО. Инсталлятор в начале установки предлагает удалить старое ПО. Наши настройки. в частности графы, не слетят?..."
Нет, графы не слетят. И с остальными настройками ничего не будет.
Перед обновлением ПО рекомендуем сохранить на всякий случай свои графы в xml-файлы на своём компьютере.
После переустановки нужно перейти в режим редактирования графа и проверить свойства каждого элемента - они не должны быть красного цвета.