"...Как правильно составить расписание для перебивки с альфа-каналом между двумя роликами?..."
Нужно использовать бесплатный скрипт TSF_Transitions.
В этом случае расписание будет очень простым: для двух, идущих друг за другом роликов (1), перед первым в расписании должен быть специальный комментарий (2), если нужно показывать перебивку.
На рисунке перебивка будет между роликами 2.avi и 3.avi. В комментарии указывается файл перебивки. Если она одинаковая для всех файлов, то её можно не указывать.
Описание скрипта здесь.