Создаём новое, ломаем старое
"...Можно ли принять NDI-поток в OnAir3 как отдельный источник?..."
Да, можно.
Про работу с NDI-источниками здесь. Про настройку в OnAir3 видеовходов с IP/SRT/HLS/NDI-источниками здесь.