"...Файлы с прозрачностью для баннеров и логотипа AVI, MOV занимают много места на диске..."
Да, файлы с прозрачностью AVI, MOV занимают достаточно много места на диске. Если есть возможность, то можно использовать формат WebM. Недавно сделана поддержка такого формата в нашем ПО, в том числе и для файлов с прозрачностью. Подробнее здесь.