"...Если во входном сигнале несколько звуковых дорожек с разными языками, то как Форвард Инжест пишет звук?..."
Для каждого языка записывается свой wav-файл (режим "Несколько").
Писать отдельный wav-файл можно и в том случае, если язык только один (режим "Один").
т.е. не обязательно видео и звук пишутся в один файл.
Про это даже у нас на сайте написано:
Форвард Инжест — SoftLab-NSK
обеспечивает автоматическое выполнение следующих функций:
многоканальная запись аудиовидеоданных с камер в файлы – до 12-ти каналов;
создание одновременно нескольких серий файлов: запись одного и того же материала в разные файлы с разными параметрами видео;
запись звука и видео в один файл или в разные;
Дополнительная информация по скриптам здесь.