"...Нужно убедиться, что в потоке присутствуют метки SCTE-35. Как их записать? Возможна запись в FDCapture?..."
Для анализа меток SCTE-35 требуется запись так называемого "сырого" потока. В FDCapture сделать такую запись невозможно.
Записать поток можно, например, в программе VLC Media Player. Краткая инструкция здесь.