С помощью FFmpeg можно конвертировать mov файлы с прозрачностью в WebM для уменьшения размера.
Пример командной строки для сжатия VP9:
ffmpeg -i "D:\Convert\test_alfa.mov" -c:v libvpx-vp9 -pix_fmt yuva420p -auto-alt-ref 0 "D:\Convert\test_alfa.WebM"
Установить FFmpeg можно с помощью инсталлятора. Он же пропишет нужные слова в PATH, чтобы запускать FFmpeg можно было без указания полного пути к нему.