"...Есть ли разница между регистрационным ключом для виртуальной платы на виртуальной машине и ключом для виртуальной платы на обычном сервере?..."
Отличий нет.
Для виртуальных плат на виртуальной машине и на обычном сервере с HASP-ключом используются одинаковые регистрационные ключи (применяются одинаковые reg-файлы).