"...Есть новая плата FD788, приобретена в 2025 году. Вставили её в компьютер, драйверы с ПО версии 5.9.800 не видели плату. Установили ПО версии 5.11.0. Плата появилась, но при запуске FDConfig2 было предложено обновить прошивку. Это нормально?..."
Да, это нормально.
Платы и ПО постоянно развиваются/изменяются: выходят новые ревизии плат и новые версии ПО. Старое ПО не смогло обнаружить плату, т.к. в нём ещё не было драйверов для новой платы. Новая версия ПО плату обнаружила, но в нём уже были новые компоненты, которые и потребовали перепрошивку платы.