"...Нам нужно одновременно с контентом формата .mp4 выводить баннер с выходными данными канала в формате mov.
Если делаем такое расписание, то видеофайл в формате .mov воспроизводится менее секунды, а дальше начинается контент в формате .mp4. Смена формата на .avi не помогает. Как можно решить данную проблему?..."
В расписании принципиальная ошибка - невозможно воспроизводить два ролика из расписания так, чтобы один показывался бы поверх другого. Всегда проигрывается только какой-то один из них.
Чтобы показывать что-то поверх основного видео нужно использовать титры. Т.е. баннер нужно показывать через титровальный объект с элементом "АнимЛого".
Пример расписания для показа баннера поверх основного видео с использованием титров здесь.