"...Напомните, пожалуйста, можно ли в OnAir3 при двухканальном вещании открыть либо два экземпляра программы (по одной на каждый канал), либо в одной программе видеть оба канала и управлять ими?..."
У нас первый вариант.
Для каждого из каналов вещания работает свой экземпляр программы OnAir3. Каждый из них настраивается на свой выход платы. Про запуск двух экземпляров здесь.