"...Задача постепенного/частичного перехода на Форвард Офис. В связи с чем вопрос - есть ли возможность добавлять файлы в Форвард Офис, но не переименовывать их? А также можно оставить свою структуру каталогов?..."
Такой возможности нет.
Файлы в Форвард Офис имеют свои собственные названия, которые формируются при их добавлении в базу данных. Структура каталогов у Форвард Офис также своя.