"...Нам нужно послать команду во второй экземпляр OnAir3. Возможно ли отправить последовательность действий с помощью консольных команд, например описав их в bat-файле. Или передать через GET/POST запрос? Есть ли примеры?..."
Таких способов посылки команд между разными экземплярами OnAir3 нет.
Есть только возможность посылки команд через механизме зеркалирования.
Про настройку посылки команд подробно описано здесь. Список всех команд, которые можно использовать, там же по ссылке.