"...Встал вопрос о дублировании файлов на резервный сервер. Собственно вопрос в том, что у нас одна лицензия. Будет ли работать копирование на резервный сервер?..."
Да, будет работать. Программа CopyDR не требует никаких лицензий. И, соответственно, вы можете запустить процесс копирования неограниченное число раз одновременно и на разные машины.