При запуске программы из командной строки можно использовать следующие параметры:
/autorun - автоматический запуск процедуры копирования после старта приложения
/h - свернуть окошко приложения в трей
Важно! Путь к программе должен быть в кавычках
"C:\Program Files\ForwardT Software\CopyDR\CopyDR.exe" /autorun /h