"..Мы запускаем новый SD канал. На нём будет реклама в разрешении HD. Так можно работать или есть какие-то ограничения?..."
Ограничений нет, работать так можно. .
Если ваш SD канал работает в 16:9, то HD файлы будут просто смаштабированы на весь экран без искажения пропорция изображения.
Если ваш SD канал вещает в 4:3, то есть несколько вариантов показа. Они описаны здесь.