"...Мы вышли из положения тем что в SLIni, каждому такому файлу, присвоили основному звуку "неопределённый язык", тут же всё заработало - по всем трём дорожкам пошёл основной звук. Но это большая проблема - у нас тысячи и десятки тысяч файлов, каждому в отдельности присваивать эту опцию нереально..."
Это и не надо делать для каждого файла. Есть понятие default.SLIni. Этот файл будет действовать для всех видеофайлов в папке, в которой у вас лежит соответствующий default.SLIni. Делаете default.SLIni с нужными вам свойствами и закидываете в папки с видеофайлами.
Документ с описанием работы с default.SLIni здесь.